С 1927 года по 1944 год территория Новгородской области находилась в составе Ленинградской области. 5 июля 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР была образована Новгородская область.

3 декабря 1944 году приказом Новгородского облздравотдела было создано Новгородское бюро судебно-медицинской экспертизы.

В 1948 году исполняющим обязанности областного судебно-медицинского эксперта был назначен Бернард Владимир Георгиевич, 1895 года рождения. Бернард В.Г. в 1925 году окончил Бакинский медицинский институт и в том же году прибыв в г. Новгород стал работать патологоанатомом областной больницы и по совместительству городским судебно-медицинским экспертом. В 1952 году он был назначен на должность начальника Новгородского областного бюро СМЭ. В первые послевоенные годы в разрушенном городе судебно-медицинские исследования трупов проводились в бетонной землянке (так называемой «керосинке»), находившейся возле здания родильного дома №1 и затем в подвале Колмовской больницы. В 1959 году для Новгородского областного бюро СМЭ было выделено двухэтажное здание деревянной постройки по ул. Фрунзе общей площадью 60 кв. метров с печным отоплением, без водоснабжения и канализации, которое в 1964 году полностью сгорело вместе с имевшимся на то время оборудованием и архивом. В дальнейшем Бюро было размещено в здании станции скорой помощи на площади 37 кв. метров. Лабораторные судебно-медицинские исследования, кроме биологических, проводились в Ленинградском Бюро СМЭ. В этот период в штате Новгородского областного бюро СМЭ числилось 28 сотрудников, в том числе 8 судебно-медицинских экспертов. Новгородский межрайонный эксперт обслуживал: г. Новгород, Новгородский, Шимский, Батецкий, Крестецкий районы. Работать приходилась в неприспособленных для исследования помещениях, к местам исследований трупов приходилось добираться на попутном автотранспорте.

В 1967 году на должность начальника Новгородского областного бюро СМЭ назначен Марк Михайлович Василевский. М.М. Василевский родился в 1930 году, в 1954 году окончил лечебный факультет Свердловского медицинского института, после чего работал в должности межрайонного судебно-медицинского эксперта в Свердловской и Псковской областях. Под руководством Василевского М.М. в 1972 году начато строительство основного здания Новгородского областного бюро СМЭ. В 1979 году в построенном здании, оснащенном необходимым оборудованием, разместились и стали полноценно функционировать отдел экспертизы трупов (судебно-медицинский морг), лабораторные отделения, ритуальный зал. В штате бюро уже числилось 80 сотрудников, из них 28 должностей судебно-медицинских экспертов. В 1971 году на базе Новгородского областного бюро было организовано обучение врачей-интернов, повышение квалификации экспертов проводилось на центральных базах в городах Москва, Ленинград, Киев, Барнаул, Ижевск. Значимый вклад в повышение квалификации экспертов внесло межобластное Новгородско-Псковское научное общество судебных медиков, созданное в 1974 году. В заседаниях общества, посвященных актуальным вопросам судебной медицины и криминалистики, принимали участие как судебные медики из Москвы, Ленинграда и других регионов, так и работники правоохранительных органов, органов здравоохранения области. В 1990 году в бюро стали применяться методы ДНК-анализа для диагностики инфекционных заболеваний и заболеваний, передающихся половым путем. На базе бюро были созданы две межведомственные лаборатории, в 1993 году – судебно-биологическая, в 1995 году – медико-криминалистическая, объединившие экспертов-биологов и экспертов-криминалистов бюро СМЭ и ЭКЦ УВД. Такой подход позволил расширить знания судебно-медицинских экспертов, дал возможность сократить сроки производства экспертиз, внедрить в практику новые методы исследований вещественных доказательств. С 1990 года были созданы и открыты 8 межобластных отделений – Новгородское, Старорусское, Валдайское, Боровичское, Хвойнинское межрайонные, Маловишерское, Чудовское, Окуловское районные. М.М. Василевский возглавлял судебно-медицинскую службу Новгородской области до 2013 года, в настоящее время является заведующим отделом сложных и комиссионных экспертиз.

С 2013 года Новгородское бюро судебно-медицинской экспертизы возглавляет Игорь Владиславович Гугнин, окончивший в 1995 году Военно-медицинскую академию г. Санкт-Петербурга. Под руководством Гугнина И.В. реализуется комплекс мероприятий, направленных на расширение материально-технической базы бюро, создание новых подразделений, повышение качества экспертных исследований и квалификации судебно-медицинских экспертов, среднего медицинского персонала, внедрение в практику эффективных форм работы, научных методов и методик исследований.

Распоряжением Президента Российской Федерации от 15.10.2020 года №256-рп за заслуги в области здравоохранения коллективу ГОБУЗ «НБСМЭ» объявлена благодарность Президента Российской Федерации.